ザイラックス帝国の機械兵器により、故郷の惑星ファフィルを滅ぼされた七歳の少年、ファフィニョ。 燃え盛る戦火の中で母とはぐれた彼は、偶然にも意思を持つ謎のロボット「A.X.E.L.（アクセル）」と出会う。 「すべての有機生命体は修正される」 帝国の冷酷な脅威が銀河を覆い尽くす中 Operational、ファフィニョとA.X.E.L.は、宇宙のどこかにあるという「最後の自由な惑星」を目指して、終わりなき星々の旅へと飛び立つ。 これは、失われた絆を取り戻し、過酷な宇宙を生き抜く少年と機械の、壮大なスペースファンタジー。