何百年もの間、住み着ける場所を探して彷徨ってきた一人の座敷わらし。 イタズラをしては怒られ、追い出される。 そんな日々を繰り返していたある雨の日、彼女は鮮やかな黄色い傘を差した少女を見つける。 少女の後を追って辿り着いたのは、一見すると普通の図書館。 そこで少女の姿に化けてイタズラをしていた座敷わらしは、なぜか図書館のおねえに褒められ、お手伝いをすることになってしまう。 そして閉館後。 おばあが杖を振るうと、普通だった図書館は、空を魚やクラゲが泳ぎ、巨大な樹と精霊たちが暮らす「魔法図書館」へと姿を変えた。 そこで座敷わらしは、図書館に引きこもる少女・マコと出会う。 イタズラ好きで、楽しいことが大好きな座敷わらし。 外に出ることが苦手で、図書館で勉強を続けるマコ。 正反対な二人が魔法図書館で過ごすうち、少しずつ互いの日常が変わっていく。 これは、ずっと独りぼっちだった座敷わらしと、一人の少女の物語。