海の底に、人々が暮らす街がある。 高校一年生の水城湊にとって、暗い空も、街の上を泳ぐ魚も、海に囲まれた生活も、当たり前の日常だった。 放課後に街を歩くことが好きな湊は、同じ学校の雨宮灯と出会う。二人はともに散歩が好きだと知り、少しずつ街を一緒に歩くようになる。 ある日、二人は喫茶店に飾られていた古い写真をきっかけに、今とは違う昔の街の存在を知る。 図書館で古い地図や資料を調べ、かつて存在した「海底第一駅」の跡を訪れた二人は、使われなくなった地下施設を見つける。 その地下には、現在の街には残っていない古い駅や商店街が広がっていた。 そして、そのさらに奥には、地図にも記録にも残されていない道が続いていた。 第五層。 二人はそう呼ばれる場所から、さらに地下へ進んでいく。 海の底で暮らしてきた二人が、最後に見つけたものとは――。