高校3年生の主人公・高瀬蓮のクラスで、存在しないはずの「32番目の生徒」に関する奇妙な事件が起こる。 「欠席者・17番、理由：死亡」という謎の張り紙を皮切りに、誰も知らない机や黒いノート、過去の写真など、32番が存在した証拠が次々と見つかる。 調査を進めると、同じ「32番」の謎が7年前の学校でも起きていたことが判明する。 やがて主人公たちは、学校が長年にわたって何かを隠していることに気づく。 そして物語の核心は、 「32番は誰なのか？」 から、 「なぜ32番という存在を、みんなの記憶から消そうとしているのか？」 へと変わっていく。