死神として生まれた、少年クロ。 死神は、寿命が来た人の魂を刈る際、死ぬ人間の走馬灯を見ることになる。更に、死ぬ人間の未練が化け物となって襲いかかってくる。 重傷を負ったクロは、死神でありながら役目を果たすことが、トラウマになってしまう。 だが、死ぬ人の苦しみを思い、勇気を出して寿命が来た老人を殺しに向かい、クロは役目を果たす。 その時、老人の孫である女子高生のあかねが、人には見えない筈の死神に声を掛けた。クロはあかねと親しくなり、毎日会うようになる。 だがある日、シロと名乗る死神が現われ、あかねを殺そうとする。 クロは、仲間の死神であるワイトや、シロを追うヨハネ連合の死神と共にシロの討伐に向かうが、返り討ちにあう。 かつて、シロと共に戦っていたワイトは、シロとの一騎打ちに乗り出し、その勝負はワイトの勝利に終わる。 数日後、クロは未練が野放しになっている地域へ、一人応援へ向かう。 走馬灯を見るのが辛いと、苦しむ死神のノルと共に、クロは野放しになった未練を倒す。 ある日、箱舟教と名乗る3人の死神から、クロ達は襲撃を受け、ワイトは彼らに殺されてしまう。 その後、ワイトの亡骸を吸収して復活を果たした死神は、自らをアダムと名乗り、人の苦しみを無くすべく、全人類を滅ぼしてしまう。 クロは、死んだ筈のワイトの声に導かれ、生前の自身の姿を見て、アダムから全人類の魂を取り戻そうと決意を固めて最終決戦に挑み、アダムを討ち取るのだった。 そんなクロに、あかねは自分を苦しみなく殺して貰うべく、クロに近づいたと自身の目的を語る。 あかねを救おうとするクロだが、死神は人に干渉できない。 しかしクロは、ノルとの会話から死神が見える人間の法則性を見つけ、クロの根回しによって、死のうとするあかねを彼女の両親が止める。 死ぬことを辞めたあかねには、死神が見えなくなり、クロとあかねは、長い別れとなる。あかねが寿命を全うする、その日まで。