8人姉妹の末っ子として生まれ、家庭の貧困や凄惨な愛憎劇の中で傷つき、孤独を生きていた少女・白々コハク。ある日、謎の少年「ウサ」と出会い「魔法少女」になる約束を交わした彼女は、空から降り注ぐ星の衝撃に巻き込まれ、意識を失ってしまう。 目が覚めたとき、世界は22世紀を迎えていた。かつての家族も居場所も失い、たった一人の「魔法少女」となったコハクは、人々に感染し家庭を崩壊させる謎の敵「カテホー」との戦いに身を投じる。正体不明の「仮面戦士」「仮面兵士」に助けられながら、コハクは過酷な訓練に耐え、生後間もない幼子「育（いく）」を守る壮絶な日常を受け入れていく。 しかし、2年の時を経て成長したコハクの前に、絶望的な真実が突きつけられる。 敵の元凶である大企業「糧保会社」の社長から明かされたのは、かつて魔法少女たちを全滅させた「カテホーウイルス」の存在と、自身を狂わせた過去の惨劇の地続きの血縁――愛らしい育とウサの衝撃的な生い立ちだった。自らの存在理由すら揺らぐ絶望の中で、コハクは世界の残酷な仕組みを知ることになる。 時を遡ること15世紀。100年に1歳しか年をとらない不老の呪いを受け、600年もの孤独を生き抜いてきた始祖の魔法少女「ユーズ」。彼女が知る魔法少女の正体、そして22世紀の始まりとともに進行する「カテホーウイルス」計画の真の目的に向かって、過酷な少女たちの運命が交錯していく――。