2170年、人類はとある奇病に悩まされていた。その奇病は「花」から人の体に寄生する花蝕(かしょく)というもので、花蝕に耐えれなかった人間は、花骸(かがい)と呼ばれ基本的には討伐対象されている。 　そんな中、花蝕を耐え抜き、力にした者は「開花者(かいかしゃ)」と言われ、侵食された日本を取り戻すべく、開花者だけで構成された部隊を「花葬(かそう)機動部隊」と呼ばれている。 　主人公である夏希ミユもそのうちの一人であり、4月から花葬機動部隊に配属されるのだった。