五年前から迷宮が日常に入り込んだ日本で、ある夜、全国の都市が一斉に迷宮へ沈んだ。道も通信も切れた一方、線路だけは暗闇の中に残っている。戦闘能力ゼロの駅員・黒瀬湊が得たのは、駅と駅を結び、列車を走らせる《運行権》。黒い二両編成の救難列車《アマテラス》に乗り、湊はA級探索者の雨宮レイナ、路線図を記憶する少女・真白、現場を知る仲間たちと、取り残された人々を迎えに行く。停車するたび、発車ベルがひとつ戻る。目指す先は、地図から消えた東京駅。世界が壊れたあとも、人は誰かのところへ行けるのか。駅と都市をつなぎ直す、終末救難ロードムービー。