時は現代社会の日本 全国の至る所に妖やヒトナラザルモノ、モノノ怪や元・神が蔓延っていた そして立ちあげられたプロジェクト｢モノノ怪・討伐プロジェクト｣ 全国の高校から戦力に長けた人材が選ばれ、陰陽師が育成されるプロジェクト そんな中、歴代最強と言われる部隊が作られた ｢第・零部隊 ｢連｣ ｣ そんな歴代最強の部隊の一人、女性大陰陽師の女の子の物語