この世ならざるモノが蔓延る日本。 モノに宿る神様と話ができる少女・姫宮京香は、両親を亡くしてから周囲に壁を作ってしまった。 「悪い奴は全部私がやっつけるから」 唯一の友であり、幼馴染の阿部遥だけは京香の味方をしてくれた。 ある日、祖母から預かった日本人形に神様が宿った。 その神はまだ未熟者で『神様見習い』という立場だと告げた。 そして。 京香の両親の死に関与しているとも告げた。 両親の死の謎を解明すべく、京香は様々な脅威に立ちはだかっていく。