高校二年生の清重大和は、地域学習のため川中島郷土歴史資料館を訪れていた。 しかし突如として大地震が発生し、辺りは黒い雨と黒い霧に包まれる。やがて大和は、資料館ごとクラスメイト三十名や教師、資料館職員たちとともに、一五四五年の戦国時代へタイムスリップしてしまう。 仲間とはぐれ、命からがら逃げた先で大和が出会ったのは、武田信玄の軍師として知られる山本勘助だった。勘助から軍略を学ぶうちに、大和は軍師としての才能を開花させていく。 武田家に仕え、歴史上の人物たちと共に戦う日々。 だが、未来を知る現代人たちの思惑は次第に食い違い、「元の時代へ帰るために歴史を守る者」と「元の時代への帰還を捨て、歴史を変えようとする者」へと分かれていく。 黒い霧の彼方で始まった、とある高校生軍師の戦国譚。