神薙夜一が目を覚めすと人と妖で争う戦国時代だった。妖はある日突然、日ノ本の各地で出現し人々を襲い出した。全国的であったため、足利将軍家でも対応しきれなかった。そのため各地で自らの領地を守るために挙兵が相次ぎ、妖との戦線を築いた。そんな中、夜一は佐竹義重と出会い、軍師として士官することになった。