高所恐怖症の青年カッツ・ジャバウォックは、竜騎士養成学校セント・マタル学園に入学する。行方不明の父オリバー(伝説のドラゴンライダー)の手がかりを求める彼が組むことになったのは、『竜の国』を追放された誇り高きドラゴン・レヴィアタン。互いの利害が一致しただけの関係として始まるが、飛行訓練や竜の生き血を狙う「竜攫い」事件、フライトテストなど数々の困難を共に乗り越えるうちに、レヴィがカッツを"つがい"として深く想う本物の愛情へと変わっていく。友人トールとその相棒ニーズホッグとも絆を深めながら、カッツは少しずつ高所恐怖症を克服していく。 やがて2人は『竜の国』へ渡り、父オリバーを幽閉していた竜王ファフニールの陰謀と対峙する。竜王城で真実を暴き、父を救出したカッツとレヴィは、竜王の座を蹴り捨てて故郷へと帰還。父と母の再会を見届け、学園生活への復帰を経て、2人の絆はさらに深まっていく――。 高所恐怖症の人間と、誇り高き竜王の息子が紡ぐ、成長と絆の物語。