ある日、世界から人間が消えた。 百瀬和真が目を覚ましたのは、見知らぬ島――環凪島。 昨日まで存在していたはずの人々はどこにもいない。 通信は繋がらず、何が起きたのかを知る手段もなかった。 そんな中、海辺に上がる煙を見つけた和真は、座礁した小型調査船へ辿り着く。 そこで出会ったのは、水城詩乃、白瀬乃亜、そして森で行方不明になった神崎レイナ。 同じように不可解な状況へ放り出された四人は、食料を探し、眠る場所を確保し、誰かが残っている可能性を求めながら、無人となった世界での生活を始める。 しかし環凪島には、現代の人類が残したとは思えない施設と技術が存在していた。 やがて和真たちの前に現れる、一人の少女。 彼女は和真を見て、こう呼ぶ。 「主」 なぜ、人類は消えたのか。 なぜ和真たちは、この島へ辿り着いたのか。 失われた世界で仲間と出会い、暮らしを作りながら、彼らは少しずつ世界に残された謎へ近づいていく。 これは、すべてを失った人々が、もう一度「明日」を作っていく物語。