「この中に、魔女になった少年がいる」 レウクラウドが目を覚ますと、そこは薄暗い檻の中。 見覚えもなく絶海の孤島に存在する牢屋敷に閉じ込められていた。 混乱するレウと、同様に捕らえられた少年達。 そこに現れた1匹の謎の生物が告げる。 「キミたちはこの世界に害をなす── 【魔女】である可能性があるとして認定された。ここで囚人として生活してもらう」 当たり前だと思っていた日常が崩壊した。 レウは囚人生活の中で同じ魔女候補の少年たちと知り合っていくが、 あるとき、殺人事件が起きてしまう 謎の生物がは囚人の少年たちを集めて言い放つ。 「魔女裁判を執り行う」 それは、少年たちの中から【魔女】 ……すなわち処刑対象を選定していく、 あまりに残酷なゲームの開始だった── ※魔法少女ノ魔女裁判公式引用