東京の街には、誰も知らない「裏側」がある。 宮内庁、警察庁、警視庁、防衛省――日本の中枢によって密かに存在する秘密組織、八咫烏。 表沙汰にできない事件を処理し、国家の威信や外交を守る彼らは、決して世間にその存在を知られてはならない。 そして、そんな八咫烏すら「伝説」としてしか知らない組織がある。 国際連合第零制裁執行機関――通称、第零機関。 世界各国から選ばれたエージェントによって構成され、国連の名の下に国家や組織へ制裁を執行する、世界最強の秘匿組織。 天真爛漫で明るく元気な八咫烏のエージェント･朝倉 麗奈は、第零機関から出向して来た年上の堅物エージェント･黒崎 薫と出会う。 二人は誰かの当たり前の日常を守るため、世界の闇と戦っていく。