有毒な雲海が地表を覆い、人々が飛行船で島や大陸を行き交う世界。かつて戦場を支配した「神子」は、今ではただ一人を除いて死んだとされていた。 密輸飛行船団で暮らす少女アダは、奴隷として運ばれていた男エンヘルと出会う。船団は航行中に襲撃され、仲間たちを失ったアダは、エンヘルとともにカラクの街へ連れ去られる。二人はアガルタ兵の手から逃れ、追手をかわす中で新たな仲間たちと出会う。やがてエンヘルが、死んだはずの神子であることが明らかになる。 一方、アリシア王国の王子モレネイは、両親の事故死後に即位した兄トーリンによって国外追放される。輸送中の暗殺を生き延びた彼は、ヴァセイアスと出会い、行動をともにする。二人はアガルタ軍を策略で翻弄した末に捕らえられるが、その能力を評価され、敵国であるアガルタ軍へ所属することになる。