現代の山奥のボロボロの小屋で、白骨化した人間の頭蓋骨とバラバラに散らばった骨、小屋の前にも白骨死体が発見される。考古学者の分析により小屋の前の白骨死体は江戸時代に土砂崩れで空気から遮断され、奇跡的に保存された江戸時代の白骨死体であることが判明する。 時は遡り1864年の京都。幼少期に両親を凄惨な事件で失った少年・吉丸勘助は、普段は親友の八幡源次や姉の天と穏やかな日常を送りながら、裏では「六十八」もの悪人を手にかけて解体・隠蔽してきた冷酷な仕置人としての顔を持っていた。