高校二年生の榊原秦は、夏休みを目前にして、想いを寄せていたクラスメイト・天堂結衣と恋人同士となった。 これから始まるのは恋人との楽しい夏休み。 ――そのはずだった。 夏休みが始まったその日、ある二人組に襲われた秦が次に立っていたのは銃弾が飛び交う廃墟であった。 身体は自分のものではない。 高校生とは思えない屈強な身体。 舞台は仮想現実空間。 そして、秦の中でナビコと呼ばれるナビゲーションプログラムが声を発した。 「あなたは高校生ではありません。ピースプロッタです」 秦をここへ攫った革命派組織マリオネットによって、彼はピースプロッタという人型情報端末に身を投じられた。そしてマリオネットの目的に加担させられることとなる。 組織の目的は、現実世界に勝利すること。 いち早く元の世界に帰りたい秦は、マリオネットと関わっていく中でどう変わっていくのか。 組織の目的の真相は何なのか。 そして、ピースプロッタとはどのような存在であるのか。 仮想世界で暮らし、戦っていく中で、それは少しずつ輪郭を見せていく。