6歳の少女、アイリス・ホームズは、目の前で両親を殺した闇社会の男「コードネームM」への復讐を誓った。天才的な頭脳と推理力を武器に、名探偵ゲーラ・ノートンへ弟子入りを志願する。そこで出会った少女、リリア・ノートン。二人は探偵と助手を賭けた勝負を始め、9年の時を経て最高のコンビへと成長する。数々の事件を解決しながら、アイリスは宿敵Mの影を追っていく――。これは、少女探偵と助手が紡ぐ、謎と復讐の物語。