主人公グラディウスは、戦友のグラブスと隊長のハスターと共に数々の星を制圧しながら武功を立てるも、多くの生命体を殺めた罪業感や創造主への忠誠心に対する猜疑心に苦悩してしまう。その苦悩の末に、彼が選んだ決断とは────。