【結末を含むあらすじ】 　長きに渡る戦争が終結し、平和となった世界には理由があった。アルカナ機関所属の元聖職者、レフェ発動の呪い、平和条約という禁術で平和に導かれたからだった。 　父は聖職者、母は魔女と、その血と力を引き継いだレフェは、捜索、殺人、刑吏という全てを担うアルカナ機関に所属し、平和貢献に奮闘していた。 　ある日、レフェの元に、ユウェントゥース学園から魔導生プロメ部隊の消失事件の捜索依頼が舞い込み、学園に赴くことに。最高司令官のベロアは魔女シグヌが流布した、羊皮紙に記された虚偽を真に受け、レフェが拉致した張本人だと疑っていた。 　その後、レフェは旧知の仲のシグヌを召喚し、シグヌが流布した悪戯を追及する。行方不明になったプロメ隊の件を問えば、魔女の書を彼らが狙っていた事実を入手。シグヌの索敵能力で彼らを探し、古の聖女の像と聖女の聖剣が置かれた場所で対峙する。彼らは学園の腐敗と王族の非嫡出子という立場に憤りつつ、魔女の書と聖剣で世界を支配する野望を明かし、入手した聖剣でシグヌに強襲する。 　レフェは諸悪の根元の聖剣を一瞬で分解し、プロメに改めて説得を試みるも応じなかったため、悪意に反応する禁術、転変石化を発動する。プロメ達は悪意と魔導器アテナの力で異形な魔獣と化し、石化してしまう。 　学園に戻ったレフェはベロア達にプロメ達を提示し、不正に寄付金を得た事実を追及したが、ベロアが激昂したため、魔獣化した生徒達の石化を解き、裁きを与えることに。騒ぎで駆け付けたアルカナ機関のクラウディウス公には、学園側の管理失態という体で報告し報酬を得る。 　その後、レフェの元に魔獣化した聖女の討伐と新たな聖女を選出する依頼が入るが、魔獣化は強い聖女誕生と平和を願う、レフェ発足の案件で発生した代償だった。レフェの純粋な平和主義と平和維持は理に適う方法だが、犠牲を伴う結果に。だがどんなレフェでもシグヌは慕い、レフェと共に行動を続けるのだった。