現代実戦空手界の天才・宮木一郎は、因縁の「空手塾マムシ会」との抗争で命を落とす。 しかし目を覚ますと、そこは見知らぬ大自然の中だった。毛皮を纏い石器を持つ人々を目にした宮木は、持ち前の頭脳（小学生レベル）を発揮し、「俺は原始時代にタイムスリップしたのか！？」と謎の早さで現状をあっさり納得する。 折しも時代は、縄文から弥生へと移り変わる大転換期。青銅器と稲作を携えて侵攻してくる弥生人の兵に対し、宮木は縄文人たちは超絶的な実戦空手で鉄剣や槍を素手で叩き潰していく。 やがて弥生人の背後に、古代日本を統治しようと目論む邪馬台国の女王・卑弥呼の存在が浮上。歴史の知識ゼロな空手バカと縄文戦士たちは、時代の波を覆すべく、卑弥呼の待つ邪馬台国へ殴り込みをかける！