日本が未曾有の災害に襲われた十四年前。 雷鳴轟く福岡の地で、一人の赤子が産声を上げた。 葛城朔夜と名付けられた少年は、幼くして両親を亡くしながらも健やかに成長し、今ではごく普通の中学生として平穏な日々を送っていた。 ――しかし、そんな日常は突如として崩れ去る。 朔夜の通う中学校で発生した、不可解な怪異事件。 人間そっくりの何かが校内を徘徊し、やがて学校そのものが現実から切り離されていく中、怪異を専門とする者たちまでもが動き始める。 それまで怪異など存在すら知らなかった朔夜もまた、否応なく事件の渦中へと巻き込まれていくことに。 そして事件の中で出会う、怪異を祓う者たちと、なぜか朔夜のことを知る謎めいた少女。 彼らとの出会いを境に、これまで平穏だった朔夜の日常は少しずつ姿を変え、怪異が跋扈する、決して表には現れない世界の裏側へと足を踏み入れていくことになる——。