日本海で航空自衛隊の戦闘機が未確認の神格を撃墜した。撃墜した神格は函館に上陸。 　『神格鑑定局』は陸上自衛隊に協力をする運びとなった。 　鑑定局の職員である秋名真白は、陸自の高名三尉と共に、上陸した神格の対処を行う。 　上陸した神格は函館に封印された巨大な神格を解放することを目的としていた。 　封印された神格が解放されれば、函館のみならず周辺の諸都市まで危機にさらされる。 　秋名真白と高名三尉は、巨大神格の復活を阻止することができるのか。