神と妖怪が共存する現代日本——山陰の町・瑞穂に、九年ぶりの帰郷者がいた。高校生の中嶋夏美、欧州仕込みの一級錬金術師だ。彼女の目的はただひとつ、神の預言が示した「この町の危機」を防ぐこと。そして何より、幼馴染の巫女・篠原萌絵を守ること。 　転校初日から妖怪が暴れ、神の眷属が蠢き、謎のガラス工場が影を落とす。夏美はホムンクルスを従え、魔法を振るい、敵か味方か分からない者たちと鮮やかに渡り合う。しかし事件の底に潜んでいたのは、欧州でも「絶対悪」と呼ばれる存在——夏美が誰よりもよく知る、あの者たちだった。 　故郷を、そしてかけがえのない親友を守るため、夏美はアルビトル（裁定師）としての力を解放し、強大な黒幕との全面対決に臨むことを決意する。