二人に家族はいなかった。けれど互いがいれば他に何もいらなかった。 幼い頃に親を失い天涯孤独の中で育った出灰玲人と同じ施設で育った雨宮炉愛。家族同然に過ごし、この世界で誰よりも信頼できる彼女と共に生きていきたいと願い、結婚を誓い合った。 けれども彼らが大人になるよりも前に、炉愛は心臓の病で命を落とす。 絶望の中、錬金術師パラケルススと名乗る男が玲人に問いかけた。 ――ホムンクルスとしてならば、彼女にもう一度会えると。 失われた命を、人生を、幸福を取り戻す。その為ならば何だってやってみせる。 例え世界中の全てが敵になろうとも。 ホムンクルスの力を手に入れようと迫る錬金術師達、それらと戦い二人は安息の場所を目指して運命に抗い続ける。 これは錬金術師となった少年と、ホムンクルスとなった少女、二人が共に生きていける場所へとたどり着くまでの物語。