現代日本では科学では証明できない奇妙な事件が多発している。オカルト、都市伝説、昔からの伝承や禁忌。科学が発達した現代であるにも関わらず不自然な事件ばかり。そこで政府は認定霊能力者及び霊媒師制度というものを導入し、加えて警察組織にその人間たちだけで構成された霊障対策課を設立。主人公の日廻 命は霊障対策課の通常の警察とは異なる特別捜査官という扱いで所属することになる。