25年前、人類は「WONDER」と呼ばれる未知の力を持つ少女たちを発見した。炎、光、念動力、飛行――少女たちが持つその力は、やがて戦争のために利用されることとなる。 兵器企業・アルトメカニック社は、魔法少女のWONDERを戦闘兵器へと変換するシステム「PSYCHODELIC」を開発。 これをきっかけに、魔法少女たちは各国の戦場へ投入され、 第三次アジア・ヨーロッパ戦争は泥沼の長期戦へと突入していった。 そして開戦から25年。 17歳の少女、神代ミナトは高いWONDER適性を認められ、PSYCHODELIC-03の使用者として戦場へ送られる。 そこで彼女を待っていたのは、同じように兵器として戦う魔法少女たち、 そして25年前から続くPSYCHODELIC開発の裏に隠された秘密だった。 なぜ魔法少女は兵器になったのか。 なぜ戦争は25年間終わらないのか。 そして、アルトメカニック社が25年前に生み出した 「最初のPSYCHODELIC」とは何だったのか。 魔法と兵器、少女と戦争。 25年にわたる戦争の終わりを目前に、 ひとりの少女がそのすべてを知ることになる。