閉館後の図書館で、鍵のかかった「開かずの書庫」から『今夜殺される』と書かれた赤い折り紙が発見される。 現場に駆けつけた警視庁の蝶野警部と、古書調査員の天才・諸葛瑾次郎が目にしたのは、不自然に引き出された5冊の本だった。 瑾次郎は図書分類記号（NDC）を用いた暗号を見抜き、密室の謎と囚われた被害者の居場所へ挑む。