彼女がいなくなってから、僕の時間は止まってしまった─── 平凡な高校生だった霧原晴人（キリハラハルト）は、破天荒な先輩、藤原永愛（フジワラエイア）と共に異世界へと転生した。 彼はヒーラーとしてエイアや仲間たちと共に様々な冒険を乗り越え、やがて人を魔物化させる魔石を巡る陰謀に巻き込まれていく。 黒幕との決戦のさなかハルトは時間を操る力に目覚めるが、彼は自らの心臓と、愛するエイアを失ってしまう。 異世界に平和をもたらし、元の世界へと戻ったハルトの胸には、ぽっかりと穴が開いたままだった。 冬休み中、半年ぶりに異世界へと帰還したハルトは、仲間のオートマタ、チルカの悩みに触れ、彼女に人らしさを与えるために、エルフの機工技師の住みかを見つける。 一方チルカも、悲しみに暮れるハルトの為にメモリを検索し、死者と出会うことのできる不思議な宿について思い出すのだった…… ───世界を救った時魔導士が、機工少女と共に、自分の時を再び動かす物語。