西暦2500年代。 人類は亜空間航行によって一万光年にわたる規模へ勢力圏を広げ、そこでは星間国家同士が覇を競っていた。 小規模星間国家の『アルヴィオン王国』は、ある日突然覇権国家『大辰帝国』の侵攻を受け、主力艦隊を喪失して降伏した。 だが若き女王エレノアと王国最新鋭の実験潜航艦〈エデン〉は、帝国の手に落ちることを拒み星系を脱出する。 〈エデン〉を指揮するのは、亜空間と因果率を研究する物理学者"レイ・アルスター"。 副長アリシアら若き乗員とともに、帝国潜航艦隊の追撃をかわしながら、国家の再建と独立を目指して亜空間を潜航する。 やがて旅は、レイが追い求めていた「レイヤー5」と、未来から物資や状態すら前借りする技術の真実が明らかになっていく。 世界がそれに注目する中、たった一隻の亡命艦の逃避行は、国家・領土・時間そのものの在り方を問い直す旅へと変貌していった。