人類のほとんどが仮想現実「エンドアーク」で暮らす世界。異常気象によって現実世界での生活が困難となった今、現実に残っているのは「エンドアーク」を管理する人々だけだった。 ソラとカイトは、「エンドアーク」で発生するバグに対処するバグハンター。二人は、日々のバグ対応とは別に、五年前に「エンドアーク」で起きたバグを追い続けていた。 そんな二人の前に、ある日ダイチが声をかけてくる。彼がもたらした情報をきっかけに、ソラとカイトは「エンドアーク」で起きる不可解なバグを追い始める。 ひとつのバグを解決すれば、また新たな謎が浮かび上がる。そうして二人が辿っていく先に待っているものとは――。