黒瀬玲(くろせ れい)は三年前、超常の力を持つ異能者の暴走事件によって、両親と妹を亡くした。 その事件の原因となったのは、使用した者に異能を与えるが、その代償として攻撃性が跳ね上がる違法薬物、『エクリプス』だった。 絶望した玲は、製造元の組織を潰し、この世からエクリプスを根絶するために動き出す。 昼は普通の女子高生、黒瀬玲として生き、夜は冷酷な復讐者、シャドウとして闇を征く。 しかし、そんな復讐者が世間では人々を異能犯罪者から救うダークヒーローとして認知されてしまう。 これは、復讐に囚われた少女が、望まぬ形で英雄になっていく物語。