1989年、進学し中学生になることに漠然とした不安を抱えていたボコ、ジョー、ジュンイチの3人は小学生最後の夏休みを過ごしていた。しかし、突如現れた怪獣「ギャオス」によりボコたちの住む街も襲撃されてしまう。東京上空を蹂躙するギャオスの群れ、ボコたちにも危険が迫る。そのとき少年たちを救ったのは、あの大怪獣「ガメラ」だった！