二〇二七年、イージス艦「やまと」は太平洋上に確認された異常現象を調査するべく、艦隊を率いて接近する。しかし艦隊もろとも飲み込まれたその先には、四つの国に分断され、異世界から侵略戦争を受ける日本列島があった。