宇宙から飛来した巨大昆虫生物が世界に猛毒のウィルスをばら撒き人類を危機に陥れる。ベルゼブと呼ばれる凶悪な生物を駆除するために世界は国連軍を編成して都市に寄生する毒虫を核兵器で駆除しようとするも失敗。気象兵器で大洪水を起こすが世界の都市が水没してしまった。それから三年後、離れ小島に住む少年・蒼井海斗は漁師をしながら生き残った村人と生活していた。そこへ未来という少女が乗り物に乗って漂流してくる。その少女は何か秘密を持っており、ヘリに乗った黒服の男にさらわれてしまう。海斗は未来を助けるためにボートに乗って冒険の旅へでかける。