蒸気機関車が大地を駆け、複葉飛行機が空を飛び、ラジオの声が国境を越える時代。 そしてこの世界には―― 魔法も、怪異も、神話も、ずっと昔から存在していた。 帝国東端の街で暮らしていた青年《イリス》。 ある冒険をきっかけに彼が発見したのは、遥かな古代に造られた不思議な寝台特急《ハルナヴィア》と、その列車を守る謎めいた少女《ステラ》だった。 やがてイリスは副車掌となり、列車に乗って世界各地を巡ることになる――