目を覚ました少年アラトには、かつて日本で生きていた男の記憶があった。 彼が暮らしているのは、巨大な大穴《インフィリス》の内部。 幼いころから共に生きてきたエルフの少女リアンナと、穴蔵の片隅で貧しい生活を送っていた。 そんなアラトの前に現れる、白衣姿の女ユニカ。 彼女の姿を見ることができるのは、なぜかアラトだけだった。 「あなたには探してほしい人がいるの」 誰なのかも、どんな姿なのかも分からない。 手掛かりは、その人物がこの大穴のどこかにいるということだけ。 この世界では、人々は《精霊》と契約することで、剣や魔法、探索といった不思議な力を得る。 生きるために精霊と契約したアラトは、リアンナや新たな仲間たちと共に、魔物の棲む地下世界へ足を踏み入れていく。 一層、また一層。 食事を作り、装備を整え、傷つきながら穴の奥へ。 やがてアラトたちは、精霊の正体とインフィリスに隠された秘密、そしてユニカが本当に望んでいたものへと近づいていく。 これは、何者でもなかった男が、 二度目の人生で少しずつ自分の居場所を見つけていく物語。