海洋生物学者の南雲省吾は、遺伝子改良した食用クジラを海で飼育する「クジラ牧場」構想を実現するため、外房の港町・汐崎を訪れる。 目的は、牧羊犬のようにクジラの群れを誘導する“マネジメント・アニマル”――イルカを探すこと。南雲は汐崎マリンパークで、若きトレーナーと天才イルカ・ジャスティスに出会う。 そして南雲を迎えたのは、汐崎旅館の若女将・神波綾乃。美しく聡明な彼女は、町の未来を「クジラ牧場」に賭けようとした。 過疎に沈む町を救う切り札として、クジラ牧場に期待を寄せる人々。計画は町を巻き込み、急速に現実味を帯びていく。 しかし、汐崎には奇妙な影があった。 終戦直後、住民全員が姿を消した「神波集落事件」。 海から人をさらう「うみんぼう伝説」。 そして、今も繰り返される子供たちの神隠し――。 やがて、汐崎マリンパークを訪れていた孤児院の子供が、忽然と姿を消す。 食糧危機を救う科学の理想と、海辺の町に封じられた残酷な秘密。 二つが交わるとき、「クジラ牧場」をめぐる人々の運命が、黒い海へと動き始める。 海洋科学と土着伝承が交錯する、ヒトコワ×近未来サスペンス・ホラー。