二〇三〇年、謎の生物「天使」の降臨によって文明は崩壊した。それから八年。十四〜十五基の神素結晶(ラクリマ)バリアに守られた日本最後の結界都市『東京全域』では、人間と、一日に五十体も量産培養される消耗品としての「人工天使」たちが、歪な差別社会のなかで共生していた。 無所属のフリーランスとして生きる少年・清水玄人（16）は、胸の奥に『天使のコア』を宿す、心臓の止まった生ける屍。彼はある日、隔離施設の片隅でハズレ個体として売れ残っていた四年目の量産型天使・シエル（12）と出会い、赤と青の血が混ざり合う絶対の契約――【血の契約（ヴァイオレット・リンク）】を交わす。