茉莉は子供の頃に欅の木に落雷が落ちるのを目撃したことがあった。高校二年生の今でも、独りでいると耐えられない恐怖が襲ってくる。初等部・中等部・高等部と一貫の学校に通う茉莉は、容姿が大人びていて、初等部の生徒は利用不可の図書館へこっそりと足を運んでいた。そこで一花という素朴なのに不思議と魅力的な高校生とであることがあった。一花はいつの間にか来ていて、いつの間にかいなくなっている。司書の大木先生が茉莉に教えたその場所は、一花と出会える唯一の場所だった。薄く交わり始めた時間の中で、ふたりは互いのことが気になり始める。初めて言葉を交わした時、二人の時間が一つの新たなものへと成り代わった。二人だけの、誰も訪れることのない世界で、ふたりは互いへの恋心を深め合っていく。そうして迎えた一花と過ごす最後の夏、一花が茉莉へ与えたものは落雷に打たれたような強烈な思いと時間だった。