夏休みが始まる頃、今作の主人公“那美川 るあ”は学校の体育館に呼び出された。 体育館には、自分を抜いて12名が集まっていた。 そこには、同じクラスで親友の“沈酔 依井奈”と“マーナス・リリア”もいた。 他にも、先輩方は1年の子達も集められている。 そして“蛹華灰雷高等学校”での泊まりでの生活が始まった。