異世界より現れ、摩訶不思議な現象を引き起こす生物型災害―魔物―に対抗すべく、秘密裏に政府によって造られた秘密機関があった。 　それこそが魔物を斃した後に残る『魔石』を動力源にした武器、『魔砲』を使う少女たち、すなわち『魔砲少女』。 　麻宮　和沙（あさみや　かずさ）もまた、そんな『魔砲少女』として政府によって幼い頃から育てられた少女の一人であった。 　そんな和沙は、ある日いつものように出動した現場にて、魔物の撃退をした直後に、東京上空に現れた黒い球に吸い込まれて意識を失ってしまう。 　目覚めた和沙が目の当たりにしたのは、空に浮かぶ月が二つもある、どうみても東京――いや、日本とは違う森の真っただ中。 　上空に飛んで現在地を確認しようにも、不幸なことに魔砲や自分の中にあった魔力は残り少なくなってしまっていた。 　仕方なく徒歩にて森の中を移動し始めた和沙は、その先で怪物と戦っている一人の少女と出会う。 　その少女こそは保有魔力こそ膨大なものの、魔力回路の問題で魔術が使えない魔女騎士見習いの少女アリサであった。 　怪物との戦いから生き延びるために、アリサは和沙の提案に乗って、彼女と契約をすることになる。 　――それがアリサのファースト・キスを奪われるということになるなど想像もせずに。 　その後、無事に怪物を斃した後、アリサは自身の魔力回路を整えてもらうために、そして和沙はこの世界の事を知り、元の世界に戻るために協力関係を結び、今後も行動を共にしていくことになった。 　それがやがて、和沙の出身である「地球」とアリサの住むこの世界「ネイシア」の両世界に渡る大きな事件へと発展していくとも気づかずに―― 　まぁ、それはともかく、とにかく少女たちがちゅっちゅしまくる百合戦記の開演です☆