これは未来の、地球から遠く離れた人類の流れ着いた惑星での物語。 人類はこの惑星に住む巨大亜人種パンゲアノイドの脅威にさらされており、それに対抗するためアンドロイド偽体へ人の意識・霊魂をインストールする人型戦闘兵器Ｓクオリファーの開発を進めている。 16歳の少女ラティア・メルティは病で余命一年であったところを軍務へ就くことと引き換えにＳクオリファーへインストールされることを承諾した。 その第四登録機ＳクオリファーＴ０４・ラティアとして就役して間もない頃、故郷ツァラへパンゲアノイドのカルト教団教祖のローローエンが配下を率いて上陸してきた。ローローエンはパンゲアノイドの軍事国家アルスラン帝国が遠からず人類へ侵攻する怖れがあるとし、人類とアルスラン帝国の仲立ちをしようと言うが、そのローローエンもツァラを攻撃し始める。就役間もなく自身は後方支援しか出来ないと思っているラティアも否応なく戦いへ巻き込まれていく。