長崎県の島で暮らす十六歳の少女・汐里は、島に一つしかない高校に通いながら、自分の将来について不安を抱えていた。島を出て本土へ進学するのか、それとも家族や故郷の期待に応えて島に残るのか。島への愛着がある一方、この島だけが自分の世界になってしまうことへの息苦しさも感じていた。 　そんな汐里の前に現れたのが、島でモンゴル料理店「ホト」を営むエンフバヤルの息子・遼だった。日本で生まれ、日本語しか話せない遼は、明るく人懐っこい少年として周囲に馴染んでいる。しかし、彼には誰にも言えない孤独があった。モンゴルにルーツを持つというだけで「外国から来た子」のように見られ、悪意のない「日本に馴染んでえらいね」という言葉さえ、彼の心を傷つけていた。 　ある日、二人は島の資料館で、島の沖合に沈んだ元寇の軍船を再現したジオラマと出会う。海底に沈み、今は目に見えない船。その姿に、遼は自分自身を重ねる。地図の上でしか知らないモンゴルという故郷、自分が背負うルーツ、周囲から向けられる期待。そして汐里自身もまた、旧家の跡取りとして島に残ることを当然のように求められていた。 　さらに遼は、父エンフバヤルとの間にも葛藤を抱えていた。父は息子を縛りたいのではなく、苦労させたくない、島で自分の居場所を築いてほしいという愛情から将来を考えていた。しかし、その優しさと期待が、遼には自分の人生を選べない重荷となっていた。 　互いに異なる「見えないもの」を背負う二人は、悩みを語り合ううちに、誰かに決められた人生ではなく、自分自身の足で未来を選ぶことを決意する。やがて受験を迎え、二人はそれぞれ本土の大学へ進む道を選ぶ。 　島を出る前日、二人はもう一度資料館を訪れ、海底に沈む船を見つめる。かつて自分たちを縛っているように思えた「見えない船」は、もはや恐れるものではなかった。過去や故郷、家族、そして自分が何者であるかという問いを胸に抱えながらも、それを自分自身の人生の一部として受け入れられるようになったのだ。 　翌朝、二人は島を離れる。見送るエンフバヤルは、息子と汐里に「胸を張って行ってこい」と声を掛ける。フェリーが港を離れ、二人の故郷が遠ざかっていく。海底に沈む船も、遠い草原の記憶も、この島で過ごした日々も、決して消えることはない。二人はそれぞれの「見えない船」を胸に抱き、新しい世界へ向かって歩き始める。