世界中に突然現れた謎の巨大構造物――「ダンジョン」。 モンスターの流出被害を受け、各国政府は成人した全国民に「適性検査」を義務付けた。 ごく普通の会社員・井上達也（25）もまた、近所のダンジョンへ連れて行かれる。 派手な魔法も使えず、剣術も素人。渡された鉄の棒でスライムを倒しても何の能力もつかない。 諦めかけた達也が、手持ち無沙汰に足元の雑草を引っこ抜いたその瞬間―― 『能力を付与します――属性・土。特性・植物親和』 「いや……草、引っこ抜いただけなんだけどな」 攻略本もデータベースもない時代。 目立たないよう無難な「トマト」のアバターをかぶり、100均のノートに未知の植物を泥臭く記録し始める達也。 配信画面の向こうでいつしか『トマトの人』と呼ばれるようになった彼は、まだ知らない。 その一冊の観察日記が、のちに国家規模のデータベースの原点と呼ばれるようになることを――。 これは、一冊の泥くさい採取ノートと一振りのナイフから始まる、すべての原点の物語。