月守村（つきもりむら）への旅から数週間後、桜庭葵（さくらば あおい）と仲間たちは、蒼京市（そうきょうし）での日常へと戻っていた。 小夜鳴（さよなき）高校に入学して以来、葵はかつての孤独な生活から少しずつ抜け出し始めていた。ありのままの自分を受け入れてくれる友人やクラスメートに囲まれ、彼女は仲間と共に戦う術を学び、やがて学校のエリート集団「六爪（ろくそう）」の一員となる。葵は数年ぶりに、ようやく自分の居場所を見つけられたかもしれないと感じ始めていた。 しかし、蒼京市の平穏は長くは続かなかった。 影の中から現れたのは「鬼羽（おにばね）一族」。それは「ナイチンゲール」がこれまで対峙してきたどの敵とも異なる、強大かつ謎に満ちた組織だった。その頂点に立つのは、冷酷な指導者・赤羽雲莉（あかばね くもり）。彼女は葵という存在、そしてその内に秘められた力に対して、不穏なほどの執着を抱いていた。 雲莉が葵に狙いを定めると、その攻撃によって蒼京市は混乱に陥り、小夜鳴高校もまた標的となる。彼女の究極の目的は、葵の秘められた力を覚醒させ、それを葵自身に向けさせることだった。そうして葵を、小夜鳴高校を、そして彼女が守ると誓ったこの街を破滅させようとしていたのだ。 だが、鬼羽一族の出現は、さらに危険な事実を白日の下にさらすこととなる。 ナイチンゲールが蒼京市を守るために奔走する中、小夜鳴高校を巡る長年隠されてきた秘密が浮かび上がり始める。学校の真実、謎めいた創設者たち、そしてこの学校が存在する目的――それらがついに問われることになる。 そして、そのすべての中心にいるのは葵だった。 彼女はすぐに悟る。どれほど遠くへ逃げようとも、自分を形作ってきた過去からは逃れられないのだと。家族にまつわる秘密、自身の秘められた力、そして小夜鳴高校とのつながり。それらは、彼女が想像していた以上に真実に近い場所にあった。 赤羽雲莉が迫り、蒼京市の運命が危うい瀬戸際にある中、葵はある決意を固める。もう二度と、過去から逃げはしないと。 友人や先輩たちを背に、葵は雲莉と対峙し、自らの存在に隠された真実を解き明かさなければならない。その内に秘められた力が、愛するすべてを破壊するものへと変わってしまう前に。