15歳の少年、ヤツキはイディオマ魔術学院を目指して寝台列車で移動していた。 貧乏旅行も最後の七日目。 目的地を目前にして、ヤツキは異空間アビスへと引きずり込まれてしまう。 アビス。 それは千年前の『天地戦争』の傷跡から生まれた歪な空間。 かつて地上の人々に加護を与えた天の『奇跡』と、それに逆らった人間たちの『軌跡』の残滓が混ざりあった場所。 時間と空間の感覚があやふやな場所でヤツキは自分を見失いかける。 そんな時に出会ったのは、一体のホムンクルス。 「俺は『差異を反復する記号』。『優れた記号』の一体！」 それは、かつて天を滅ぼした決戦兵器の一柱だった。 アビスから脱出するために、ヤツキはホムンクルスに『ミナキ』という名前を与えて契約する。 ミナキの力で何とか外に出るもーー 「ミナキ。この時代にはホムンクルスっていうのはいないんだ。バレるとやばいから、これからはゴーレムのふりしてくれないか？」 「ボクゴーレムダカラムズカシイコトワカンナイ。これでいい？」 （不安だ） 世界と敵対した天の血筋を持つ少年と、天を滅ぼした記憶喪失のホムンクルス。 2人が失われた歴史の痕跡を辿りながら自分で意味を選びなおす物語。