未来の果て、ヒトは核戦争により絶滅してしまった。 しかし気の遠くなる年月をかけて地球にはヒトと同等の知能を持ち、かつてのヒトが残した書物や技術を元に全く同じ文明を再形成した奇跡の「第二のヒト」が栄えるようになった。 そんな世界の近畿地方で過ごす若者、琰堂海はある団体の事件に巻き込まれることに…